监理工程师初始注册需要申请人在网上申请，然后提交相关证明材料，省建设主管部门进行初审，国务院建设主管部门进行复审。
监理工程师证书注册流程：
1、申请人进入中国工程建设信息网或中华人民共和国建设部网站，登录"注册监理工程师管理系统"，填写并打印《申请注册监理工程师初始注册申请表》。在网上申请注册后，需将申请初始注册的申报材料递交申请人所在的聘用单位。
2、申请人所在的聘用单位在初始注册申请表上签署意见并加盖单位印章后，将申请人初始注册的申报材料【确认已上报】递送到省建设主管部门进行初审。
3、省建设主管部门审查完毕后，将申请材料和初审意见报国务院建设主管部门，等待申请结果通知。
