同等学力申硕和在职研究生的主要区别就是：前者是一种报考方式，后者是一种教育形式，两者属于包含关系。国家在2016年取消了在职研究生，现在只有非全日制研究生，其定义、入学方式、报考时间等都是不同的。
一、两者定义不同
1、同等学力申硕：
同等学力申硕又称同力申硕，是在职人员以同等学力申请硕士学位的全国统考。其考试报名时间是在每年的3月份，登录学位网报名，5月份参加考试。该考试科目有2门，满分均为100分，只要每一门考到60分及以上就能通过考试。另外，若第一次没有通过，也不用太过担心，通常会有4次补考机会，通过率高，拿到硕士学位证的概率大。
2、在职研究生：
在职研究生是国家针对在职人员的身份，进行的继续教育的一种类型。不会影响报考者的工作，反而还能提升他们的工作效率。同等学力申硕和非全日制研究生是常见的两种在职研方式，所以同等学力申硕和在职研究生是包含的关系。
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二、同等学力和非全日制研究生区别
1、入学方式不同
同等学力：学员报考同等学力申硕，可免试入学。大家申请材料只要通过校内入学审核，就能成功进入院校读研。
非全日制：报考非全日制的学员，需要先考试后入学。考生符合报考条件后，须参加联考初试和院校复试，考试综合成绩达到国家及院校录取分数线者，可顺利入学。
2、所获证书不同
同等学力：学员课程班学习结束，考生修完规定课程和学分，通过结业考试可取得结业证。结业证是学员完成校内学业的证明。符合申硕资格的考生通过申硕考试，完成毕业论文和答辩可取得硕士学位证书，提升自身学位。
非全日制：学员课程研修结束，修完规定课程，修够学分，完成毕业论文和答辩可取得硕士学位证及研究生学历证(即毕业证)，可提升学历。
3、报考条件不同
同等学力：大专及以上学历可报考课程班，本科有学士学位满3年可申请硕士学位。
非全日制：专科毕业5年及以上，本科有无学位均可报考。
4、分数线不同
同等学力：每年分数线固定，60分/科目
非全日制：分为国家线、院校复试线，两个分数线每年都不同，以当年的分数线为主。